펀은 아빠가 죽이려던 아기 돼지를 구하고 직접 키우기로 하고 윌버라는 이름을 붙인다. 펀은 윌버를 마치 아기처름 우유도 먹이고 집도 만들어주며 사랑으로 보살핀다. 하지만 아버지가 윌버를 삼촌에게 팔자 펀은 매일 윌버를 만나러 삼촌의 농장으로 간다. 우리에 갇혀 있던 윌버는 거위의 조언으로 밖으로 나와 자유롭게 뛰어 돌아다녀 보지만 금방 심심해져 다시 우리로 돌아온다.

윌버는 샬롯이라는 새로운 친구를 만나지만 덫을 놓아 먹이를 잡아먹는 무서운 거미라는 사실에 다소 놀란다. 거위가 알을 낳고 들쥐 템플턴은 썩은 거위알 하나를 획득한다. 늙은 양이 사람들이 윌버를 키우는 건 겨울에 잡아먹기 위함이라고 알려주자 윌버는 슬픔에 빠진다. 하지만 거미 친구 샬롯이 윌버를 구해줄 계획을 세우겠다고 약속하자 다소 진정된다.

윌버도 샬롯처럼 실을 자아내려고 애써보지만 잘 되지 않는다. 윌버는 곧 다시 죽음에 대한 공포를 느끼지만 샬롯이 꼭 구해주겠다고 달래준다. 윌버를 구할 방법을 생각하던 샬롯은 벌레를 속이는 방법으로 인간을 속이기로 결심한다. 샬롯을 잡으려고 하던 에이버리가 템플턴의 썩은 거위알을 터뜨려 고약한 냄새가 진동한다. 샬롯은 마침내 윌버를 구하기 위해 새로운 거미줄을 만들기 시작한다.

아침에 샬롯의 거미줄에서 “대단한 돼지”라는 글자가 발견되자 윌버는 순식간에 사람들의 주목을 받는다. 샬롯이 동물들을 소집해 거미줄에 쓸 좋은 글귀를 모집하고 이번에는 거미줄에서 “놀라운”이라는 글자를 보자 주커만이 윌버를 끔찍이 아낀다. 윌버는 샬롯에게 많은 위로를 받는다.

엄마는 동물들과 대화를 나눈다는 펀의 이상한 행동에 대해 의사에게 상담한다. 샬롯은 자신이 곧 알을 낳을 시기가 되었다는 걸 알지만, 주커만이 윌버를 박람회에 데려갈 때 동반하기로 결심한다. 윌버는 사람들이 자신을 죽일 거라는 말을 듣고 기절한다.